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轉出、轉入企業向海關申報結轉計劃時應當提交《中華人民共和國海關加工貿易保稅貨物深加工結轉申請表》（以下簡稱《申請表》，見附件1），並如實填寫《申請表》的各項內容。
一份《申請表》隻能對應一個轉出企業和一個轉入企業；一份《申請表》隻能對應轉出企業一本《加工貿易手冊》（包括聯網監管電子帳冊,以下簡稱《手冊》），但可對應轉入企業多本《手冊》。結轉雙方填寫的商品編號、數量、計量單位應當一致。
加工貿易企業開展結轉的，應當按照海關規定填制《結轉貨物收發貨單》，《結轉貨物收發貨單》應當包括下列內容：
（一）標注“保稅結轉貨物”字樣；
（二）列明轉出、轉入企業名稱、商品名稱、規格、數量、收發貨時間、收發貨單編號等內容；
（三）每批次收發貨記錄加蓋經主管海關備案的企業結轉專用名章。
申請結轉的加工貿易企業有下列情形之一的，海關不予受理：
（一）不符合海關監管要求，被海關責令限期整改，在整改期內的；
（二）有逾期未報核《手冊》的；
（三）未按照本辦法第五條規定填制結轉貨物收發貨單的；
（四）涉嫌走私已被海關立案調查，尚未結案的。
轉入、轉出企業應當按照以下規定辦理結轉計劃備案手續：
（一）轉出企業在《申請表》（一式四聯）中填寫本企業的轉出計劃，憑《申請表》向轉出地海關備案；
（二）轉出地海關備案後，留存《申請表》第一聯，其余三聯退轉出企業交轉入企業；
（三）轉入企業自轉出地海關備案之日起20日內，持《申請表》其余三聯，填寫本企業的相關內容後，向轉入地海關辦理報備手續。轉入企業在20日內未遞交《申請表》，或者雖向海關遞交但因《申請表》的內容不符合海關規定而未獲準的，該份《申請表》作廢。轉出、轉入企業應當重新填報和辦理備案手續；
（四）轉入地海關審核後，將《申請表》第二聯留存，第三、第四聯交轉入、轉出企業憑以辦理結轉收發貨登記及報關手續。
轉出、轉入企業辦理結轉備案手續後，應當按照經雙方海關核準後的《申請表》進行實際收發貨。轉入、轉出企業的每批次收發貨記錄應當在《保稅貨物實際結轉情況登記表》（以下簡稱《登記表》，見附件2）上進行如實登記，並加蓋企業結轉專用名章。
結轉貨物退貨的，轉入、轉出企業應當將實際退貨情況在《登記表》中進行登記，同時注明“退貨”字樣，並加蓋企業結轉專用名章。
轉出、轉入企業實際收發貨後，應當按照以下規定辦理結轉報關手續：
（一）轉出、轉入企業應當分別在轉出地、轉入地海關辦理結轉報關手續。轉出、轉入企業可以憑一份《申請表》分批或者集中辦理報關手續。轉出（入）企業每批實際發（收）貨後，應當在90日內辦結該批貨物的報關手續；
（二）轉入企業憑《申請表》、《登記表》等單証向轉入地海關辦理結轉進口報關手續，並在結轉進口報關後的第二個工作日內將報關情況通知轉出企業；
（三）轉出企業自接到轉入企業通知之日起10日內，憑《申請表》、《登記表》等單証向轉出地海關辦理結轉出口報關手續；
（四）結轉進口、出口報關的申報價格為結轉貨物的實際成交價格；
（五）一份結轉進口報關單對應一份結轉出口報關單，兩份報關單之間對應的申報序號、商品編號、數量、價格和手冊號應當一致；
（六）結轉貨物分批報關的，企業應當同時提供《申請表》和《登記表》的原件及復印件；
（七）企業超過規定時限申請辦理結轉報關手續的，海關按照本辦法第十二條規定處理後，可以補辦有關手續。
結轉企業以外匯結算的，海關按照有關規定簽發報關單外匯核銷証明聯。
主管海關對加工貿易跨關區結轉實行計算機管理的，企業可以通過網絡辦理結轉備案、登記及報關手續。
轉出、轉入企業違反本辦法，海關按照《中華人民共和國海關法》及《中華人民共和國海關法行政處罰實施細則》的規定處理；構成犯罪的，依法追究其刑事責任。
同一直屬關區內企業之間的深加工結轉比照本辦法辦理，經直屬海關同意可以簡化備案手續，具體辦法由各直屬海關制定。
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